环保部门在调查处理环境污染纠纷时，通常的做法是先对排污单位的排污情况进行监测，把是否达标排放作为能否造成污染危害的判断依据，即如果达标排放不会造成污染纠纷，如果超标排放会造成污染纠纷。
这种处理方式不但违背了法规的本意，又不利于保护受害者的合法权益。
作为环保系统工作人员，在调查处理环境污染纠纷时应该首先认识到，排污单位不论是达标排污还是超标排污都可能侵害他人的合法环境权益，导致污染纠纷事故发生。
《中华人民共和国侵权责任法》和《中华人民共和国环境保护法》规定处理环境污染纠纷时采用举证责任倒置与无过错责任原则。
所谓举证责任倒置是“谁主张谁举证”原则的例外规定，指基于法律规定，提出主张的一方当事人就某种事由不承担举证责任，而由对方当事人就某种事实存在或不存在承担举证责任，如果对方当事人不能就此举证证明，则推定原告的事实主张成立的一种举证制度。
所谓无过错责任原则，是指没有过错原因造成他人损害的，依据法律规定，由造成损害的当事人承担民事赔偿责任的归责原则，在认定责任时受害人不用对行为人是否有过错进行举证。
依据上述原则，受害方的主要举证责任为:一是损害事实客观存在；二是致害方有排污行为。
致害方的主要举证责任为:排污行为与损害事实之间是否存在因果关系，如不能证明两者之间不存在因果关系，则不论超标排污还是达标排污，都应承担环境污染赔偿责任。
在处理环境污染纠纷时可能做出的几种处理结论:
1.依据上述规定，致害方在满足以下4个条件下时应承担全部赔偿责任:(1)受害方、环保部门或第三方能证明致害方有排污行为；(2)受害方能证明自己受到了损害；(3)致害方不能证明自己的排污行为与损害结果之间不存在因果关系；(4)致害方不存在免责或减责条件。
2.由于不可抗拒的自然灾害所致，并经及时采取合理措施仍然不能避免环境污染损害的，致害方免予承担责任。
3.环境污染危害因双方责任造成的，各自承担相应的责任；因第三者造成的，由第三者承担责任。
4.环保部门在处理环境污染纠纷时，其地位属于居中调解平等主体争议性质，对当事人无事实依据恶意索赔等行为，应该首先规劝当事人停止无理要求，或依法做出不予受理的决定。
对事实清楚证据确凿污染者拒不履行赔偿义务的，环保部门应支持受害人进行民事诉讼。
5.在调查处理环境污染纠纷时发现排污单位有违法排污行为，调查人员应首先保存证据，由单位立案调查，不妨碍污染纠纷的处理。
6.超过规定的3年权益保护期限，不予受理。
通过以上分析，环保部门在处理环境污染纠纷时，应以事实为依据，以法律为准绳，从实际情况出发，深入细致地做好调查取证工作，准确地界定好责任，才能做好污染纠纷处理工作，避免群体性上访事件发生，绝对不能单纯依据是否超标排污来推定排污单位该或不该承担赔偿责任。
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