“十二五”期间，我国将投资3460亿元，加强对于重点流域的水污染治理。到2015年，要求重点流域总体水质要由中度污染改善到轻度污染。对于饮用水水源地水质要稳定达到功能要求。
“十二五”期间重点流域的治理包括以下几个方向：饮用水水源地污染防治、工业污染防治、城镇污水处理及配套设施建设、畜禽养殖污染防治，以及区域水环境综合整治。
国务院近期批复的《重点流域水污染防治规划（2011-2015年）》中，重点流域包括松花江、淮河、海河、辽河、黄河中上游、太湖、巢湖、滇池、三峡库区及其上游和丹江口库区及上游等10个流域，涉及23省（自治区、直辖市），流域面积约占全国32.2%，GDP总量约占全国51.9%。
《规划》要求，到2015年，饮用水水源地水质要稳定达到功能要求；跨省界断面、污染严重的城市水体水质要明显改善，重点湖泊富营养化程度有所减轻，水功能区达标率进一步提高；滇池湖体水生态系统明显改善；辽河流域率先由污染治理转入生态恢复阶段；主要水污染物排放总量和入河总量持续削减；水环境监测、预警与应急能力显著提高。
环保部污染防治司司长赵华林介绍说，“十一五”期间，重点流域的治理取得了一定的进展，与2006年相比，2010年国控断面水质达到或优于三类的比例增加了13.4个百分点，劣五类断面比例下降了16.9个百分点。但总体上，重点流域的污染压力依然不轻，特别是重金属、持久性有机污染物等长期积累的问题开始暴露，流域水环境风险日益凸显。
此外，“十二五”期间，环保部还将对各地水质达标的情况进行考核，对考核不达标的地方暂停项目环评审批。
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