为搞好南水北调东线工程，山东近几年已投资40多亿元，建成污水处理厂33座，日处理污水能力达到206万立方米。仅在调水沿线就投入工业污染源治理资金17.1亿元，城市污水处理厂建设资金5.3亿元，到2005年力争使南水北调山东段水质达到三类标准。
解决南水北调东线工程沿线水质问题，是确保工程顺利实施的关键因素之一。山东省南四湖、东平湖是东线治污的重点，据调查，两大流域COD排放量的60％来自工业污染，其中造纸污染占工业污染的80％。山东省立足产业结构调整，加大对重点污染企业的治理，加快城市污水处理厂的建设，大力发展生态农业，治污工作有了新突破。
南四湖的污染源有一半是来自济宁市，目前济宁的污染源正在减少。邹城市目前已建成了污水处理项目86个，年处理污水3500万吨。其中，南屯煤矿和邹县电厂基本上实现了污水的零排放。据了解，省政府确定的今年年底前需关停的40家2万吨以下草浆生产线已全部实施关停。近年来，全省共取缔、关闭南四湖、东平湖流域十五类“五小”企业368家。已建成国家级农业生态示范县6个、省级15个。
根据南水北调东线治污总体规划和国家计委、国家环保总局论证评估的南水北调东线治污规划，山东省调水沿线治污拟总投资80亿元左右，用于建设城市污水处理厂43座，截污导流工程17处，工业治理工程111项，流域综合治理工程4项，工业结构调整项目33项。目前，山东省还有30处城市污水处理厂正在加紧建设当中。 | 
